在動物免疫中，應選用高純度抗原。一種抗原往往有多個決定簇，一個動物體在受到抗原刺激后產生的體液免疫應答實質是眾多B細胞群的抗體分泌，而針對目標抗原表位的B細胞只占極少部分。由于細胞融合是一個隨機的過程，在已經融合的細胞中有相當比例的無關細胞的融合體，需經篩選去除。篩選過程一般分為兩步進行：一是融合細胞的抗體篩選，二是在此基礎上進行的特異性抗體篩選。將融合的細胞進行充分稀釋，使分配到培養板的每一孔中的細胞數在0至數個細胞之間(30%的孔為0才能保證每個孔中是單個細胞)，培養后取上清液用ELISA法選出抗體高分泌性的細胞；這一過程常被習慣地稱作克隆化。將這些陽性細胞再進行克隆化，應用特異性抗原包被的ELISA找出針對目標抗原的抗體陽性細胞株，增殖后進行凍存、體外培養或動物腹腔接種培養。