核酸疫苗免疫接種的方法主要分為三種：
①可產生高轉染效率的途徑，如肌肉接種；
②轉染效率雖不高，但是經常被用于實驗動物接種的途徑，如皮下、腹腔內接種；
③轉染效率不高，但有高水平的局部免疫監視，如皮膚、呼吸道接種。
一般地，用注射器直接注射要求DNA為10～200ug槍注射要求的DNA量可少至亞納克級。Frnan用50～100ug甲型流感病毒血凝素（HA因的純DNA于0及4周各接種一次小鼠，比較了不同的注射途徑和方法對核酸疫苗的免疫效果的影響。結果發現靜脈內、腹腔內和肌肉內合并免疫及單獨肌肉內、靜脈內、鼻腔內、皮內、腹腔內和皮下免疫的各組存活率分別為95%、95%、83%、76%、75%、67%和0。說明多種途徑合并注射免疫效果最好，其它依次為肌肉內、靜脈內、鼻腔內、皮內和皮下接種。隨著技術的發展，目前最為有效的核酸疫苗免疫途徑是使用基因槍將DNA包被的金顆粒注入表皮。這種方法只需比普通注射法低2～3個數量級的DNA，即0.4ugDNA免疫2次即可產生95%的保護作用。Hui等首先報道了基因槍轉染法誘導細胞介導的免疫應答。他們以1～2KbMHC抗原基因通過外科手術暴露小鼠靶細胞后進行肌肉或脾內接種，結果產生了同樣特異的CTL應答。基因槍技術使有效的轉染與有效的抗原提呈和識別相結合。DNA包被的金顆粒射入表皮后，DNA隨之提呈細胞（APC）。此外，一些學者報道，用無針噴氣注射器的免疫效果明顯，優于常規注射器免疫。這種裝置以壓縮空氣驅動活塞，高壓下使接種物形成細流而穿過組織。臨床上已被用于肌注傳統疫苗及皮下接種藥物（胰島素）。以此法注射含報告基因的質粒后可測出報告基因的表達，雖然僅及肌注表達水平的1/10，但能同時產生針對抗原的抗體和CTL。