多發生于青壯年，氟骨癥的主要臨床表現是腰腿關節疼痛、關節僵直、骨骼變形以及神經根、脊髓受壓迫的癥狀和體征。
患者常訴說脊柱和四肢關節持續性疼痛，靜止時加重，活動后可緩解，晨起時關節僵直，關節無紅、腫、熱等炎癥表現。神經根受壓者疼痛加劇，如刀割或閃電樣劇痛，拒觸碰或扶持。病情嚴重時關節脊柱固定、脊柱側彎，佝僂駝背或四肢僵直，以至生活難以自理。脊髓或脊神經根受壓者可出現四肢或雙下肢感覺麻木、感覺減退、肌力降低，軀干有被束縛感，疼痛，嚴重者可伴肢體截癱。
患者常有全身肌肉疼痛、頭暈、心悸無力、困倦及食欲減退、惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉或便秘等癥狀，并有肌肉萎縮、肌電圖改變。累及牙齒損害牙釉質而引起釉柱發育不良、缺損或出現色素沉著，導致不同分型的氟斑牙。病變累及甲狀腺、腎上腺、性腺及晶狀體和中樞神經系統時，可引起相應癥狀和體征。氟骨癥的病程可長達數十年。患者多死于慢性營養障礙或其他嚴重合并癥。
一般女性氟骨癥患者的癥狀較男性為重，高氟地區脊柱僵直和側彎的女性患者較男性顯著增多，且女性發生骨軟化型及繼發性甲狀旁腺功能亢進者較多。這種性別差別可能與妊娠、生育和哺乳等有關。