由于慶大霉素的大量生產、鏈霉素本身的毒性以及腸球菌逐漸對鏈霉素產生抗藥性，使得慶大霉素全面的取代鏈霉素，成為青霉素合并療法的首選藥物。隨著慶大霉素的廣泛使用，腸球菌對慶大霉素的高度抗藥性（MIC≧2000 μg/ml）也逐漸產生。如此一來，如果引起心內膜炎的腸球菌，對于鏈霉素及慶大霉素都有抗藥性，就沒有公認最佳的治療方法了。
