一、指標
為了表征儀器性能，往往根據使用目的和要求而提出幾個技術參數或指標來定量說明。對于流式細胞儀常用的技術指標有熒光分辨率、熒光靈敏度、適用樣品濃度、分選純度、可分析測量參數等。
二、熒光分辨率
強度一定的熒光在測量時是在一定道址上的一個正態分布的峰，熒光分辨率是指兩相鄰的峰可分辨的最小間隔。通常用變異系數（C.V值）來表示。C.V的定義式為：
C.V=σ/μ
式中，σ為標準偏差，μ是平均值。
在實際應用中，我們使用挖關系式σ=0.423FWHM；其中FWHM為峰在峰高一半處的峰寬值。現在市場上儀器的熒光分辨率均優于2.0%。
三、熒光靈敏度
反映儀器所能探測的最小熒光光強的大小。一般用熒光微球上所標可測出的FITC（fluorescein isothiocyanate 異硫氰基熒光素）的最少分子數來表示。現在市場使用儀器均可達到1000左右。
四、分析速度/分選速度
儀器每秒種可分析/分選的數目。一般分析速度為5000～10000；分選速度掌握在1000以下。
五、樣品濃度
主要給出儀器工作時樣品濃度的適用范圍。一般在1010細胞/ml的數量級。