焦磷酸鈣沉積癥的并發癥及伴發病主要有下列疾病：
1、甲狀旁腺功能亢進
焦磷酸鈣沉積癥患者20%～30%有關節軟骨鈣化癥，10%～26%甲狀旁腺激素（PTH）升高，2%～15%有甲狀旁腺功能亢進癥，隨著年齡增加二者并發率增加。
2、血色沉著癥
血色沉著時，體內有過多鐵質，可促使二水焦磷酸鈣成核，又可抑制焦磷酸酶的活性，因此血色沉著癥患者中一半有關節炎，50%關節炎者有X線軟骨鈣化，并隨年齡增高而增加。常見于第2～5掌間關節。50%患者血PTH升高，大多數血鈣水平正常。限制鈣的入量并不能改善二水焦磷酸鈣的沉積。
3、痛風和高尿酸血癥
痛風發生在中老年人，易合并高血壓病、腎臟病變，應用利尿劑較多。患者多有腎功能障礙，因此常見高尿酸血癥。由于尿酸是二水焦磷酸鈣的良好成核劑，因此2%～8%焦磷酸鈣沉積癥并發痛風。
4、甲狀腺功能低下
由于甲狀腺功能低下者血中有過多的嗜水性黏多糖，可使局部鈣和焦磷酸濃度升高，在滑液中形成二水焦磷酸鈣結晶，但無癥狀。甲狀腺素則可促進二水焦磷酸鈣與免疫球蛋白結合，引發關節炎。