1、抗酸藥（尤其是含鎂抗酸藥）與米索前列醇合用時會加重米索前列醇所致的腹瀉、腹痛等不良反應。
2、有聯合使用保泰松和米索前列前列醇后發生神經系統不良反應的報道，癥狀包括頭痛、眩暈、潮熱、興奮、一過性復視和共濟失調。
3、進食同時服用米索前列前列醇可使后者吸收延遲，表現為達峰時間延長，血藥峰濃度降低，從而使其不良反應的發生率亦降低。
