主要以磷酸吡多醛（PLP）形式參與近百種酶反應。多數與氨基酸代謝有關：包括轉氨基、脫羧、側鏈裂解、脫水及轉硫化作用。這些生化功能涉及多方面。
1、參與蛋白質合成與分解代謝，參與所有氨基酸代謝，如與血紅素的代謝有關，與色氨酸合成煙酸有關。
2、參與糖異生、UFA代謝。與糖原、神經鞘磷脂和類固醇的代謝有關。
3、參與某些神經介質（5-羥色胺、牛磺酸、多巴胺、去甲腎上腺素和γ-氨基丁酸）合成。
4、維生素B6與一碳單位、維生素B12和葉酸鹽的代謝，如果它們代謝障礙可造成巨幼紅細胞貧血。
5、參與核酸和DNA合成，缺乏會損害DNA的合成，這個過程對維持適宜的免疫功能是非常重要的。
6、維生素B6與維生素B2的關系十分密切，維生素B6缺乏常伴有維生素B2癥狀。
7、參與同型半胱氨酸向蛋氨酸的轉化，具有降低慢性病的作用，輕度高同型半胱氨酸血癥被認為是血管疾病的一種可能危險因素，維生素B6的干預可降低血漿同型半胱氨酸含量。