肝動脈血栓形成，可以表現為急性肝壞死、膿毒血癥、轉氨酶升高、移植肝功能衰竭和膽汁分泌中斷，但大部分患者為潛隱性發作，表現為反復發熱和轉氨酶逐步升高。由于膽總管沒有門靜脈血供，完全靠肝動脈供血，因此，肝動脈血栓還可導致受體遠端膽道的缺血和壞死，出現黃疸，“T”型管中引流的膽汁明顯減少，甚至消失，肝功能異常，凝血酶原時間延長。所以慢性肝動脈血栓形成主要表現為膽漏、膽管狹窄、肝內膽管壞死及肝膿腫或膽汁瘤復發。
少數患者也可以無臨床癥狀，只是在常規多普勒超聲檢查時發現。
