腸出血性大腸桿菌感染是否應該使用抗菌藥，學術上尚無定論。有學者提出，抗菌藥對本病不能縮短病程，不能減少并發癥的發生，甚至有可能促進釋放Veto毒素，導致HUS的發生，因此提出要避免使用抗生素。但也有學者提出，原則上可按其他感染性腹瀉類似的處理。重癥應使用抗生素，如司氟沙星（司帕沙星）、小檗堿等；輕癥，可采用腸黏膜保護劑十六角蒙脫石或微生態調節劑。同時，注意糾正脫水，加強支持療法。合并HUS者，按HUS搶救。
