腸病毒在病毒學上的分類是屬于微小病毒科（picornaviridae）中的腸病毒群（enterovirus）。EV 71為目前腸病毒群中最晚發現的病毒，其感染性強且致病率高，尤其是神經系統方面的并發癥。其它同屬于腸病毒群之病毒尚包括小兒麻痹病毒（Polioviruses；具3種型別）、柯薩奇病毒（Coxsackieviruses；A型具23 種型別、B型具6種型別）、伊科病毒（Echoviruses；具31 種型別）及腸病毒（Enteroviruses 68～72型）。
