起病多隱襲，早期表現為上呼吸道感染癥狀。臨床上與支原體肺炎頗為相似。通常癥狀較輕，發熱、寒戰、肌痛、干咳，非胸膜炎性胸痛，頭痛、不適和乏力。少有咯血。發生咽喉炎者表現為咽喉痛、聲音嘶啞，有些患者可表現為雙階段病程：開始表現為咽炎，經對癥處理好轉，1～3周后又發生肺炎或支氣管炎，咳嗽加重。肺炎衣原體感染時也可伴有肺外表現，如中耳炎、關節炎、甲狀腺炎、腦炎、吉蘭-巴雷綜合征等。體格檢查肺部偶聞濕啰音。
