這一步反應是整個分子生物學過程的核心，但其化學本質很簡單，重點是其生物體內催化的過程。在以往的觀點里，核糖體rRNA的具體序列或許對于肽鍵形成至關重要，因為在核糖體的反應核心并沒有蛋白質的參與，提示著rRNA對于肽鍵的合成起到主要的催化作用。而經過后續研究，當前普遍認為rRNA對于核心反應的催化并非具體序列依賴的化學催化，而更像是整體序列共同作用導致的物理結構催化。即rRNA通過整體序列（和蛋白互作）形成特定的結構，確保核糖體A位點和P位點的；兩個tRNA受體臂上的氨基酸能夠近距離正確接觸，催化反應的發生。
而tRNA自身的結構，甚至是氨基酸本身其他結構都在這個反應里起到了一定程度的重要催化作用，來確保這個反應的發生。