腎結核對側腎積水與一般晚期腎結核的臨床癥狀相同，腎積水的局部癥狀多不明顯，但全身情況多較衰弱，突出的表現為嚴重的膀胱結核癥狀,患者尿頻，尿急，尿痛，排尿次數極為頻繁，每小時即排尿數次，同時伴有血尿，甚至尿失禁，少數患者并無膀胱攣縮，腎積水是單由輸尿管口狹窄引起，膀胱刺激癥狀并不明顯。
另一類癥狀為貧血，水腫，酸中毒等腎功能不全的表現，如有繼發感染，則病情更為嚴重，這些癥狀只能說明雙側腎臟均有損害，但不能區分是雙側腎結核，還是腎結核對側腎積水，患者于膀胱脹滿或排尿時感到一側腰痛，說明患者有膀胱輸尿管反流。