胰腺假性囊腫的并發癥更多見于急性胰腺假性囊腫。
1.囊內出血
胰周與上腹部許多較粗的血管常構成囊壁的一部分如胃左動靜脈，胃右動靜脈，脾動靜脈等，血管壁被激活的胰酶和感染侵襲，可突然發生破裂出血病人可突然出現劇烈的持續性腹痛，腹部包塊急劇增大，且有刺激征，常表現內出血癥狀，很快進入休克狀態。
2.囊腫破裂
囊腫破裂后腹部包塊突然消失，囊液如進入腹腔可發生全腹持續性劇痛引起急性彌漫性腹膜炎，應急診行囊腫外引流術。
3.囊內感染
囊腫并發感染時通常出現腹痛發熱，白細胞計數增高等征象急性胰腺假性囊腫繼發感染與急性重癥胰腺炎壞死合并感染較難區別，特別在2周以內，治療應立即引流。
4.囊腫對周圍的壓迫
巨大囊腫壓迫胃及十二指腸或結腸，可發生胃腸道梗阻，壓迫膽總管可出現阻塞性黃疸，壓迫靜脈或形成靜脈血栓，最常見的是脾靜脈，其次是門靜脈和腸系膜上靜脈，可形成胃脾區高壓，肝外型門靜脈高壓或十二指腸黏膜下靜脈曲張而發生上消化道大出血。