少數假性囊腫無癥狀，僅在B超檢查時發現。大多數病例臨床癥狀系由囊腫壓迫鄰近臟器和組織所致。80%～90%患者發生腹痛。疼痛部位大多在上腹部，疼痛范圍與囊腫位置有關，常向背部放射。伴有惡心、嘔吐、食欲下降。體重下降見于部分病例。發熱常為低熱。腹瀉和黃疸較為少見。囊腫如果壓迫幽門可導致幽門梗阻；壓迫十二指腸可引起十二指腸郁積及高位腸梗阻；壓迫膽總管可引起阻塞性黃疸；壓迫下腔靜脈引起下腔靜脈梗阻癥狀及下肢水腫；壓迫輸尿管可引起腎盂積水等。縱隔內胰腺假性囊腫可有心、肺和食管壓迫癥狀，發生胸痛、背痛、吞咽困難、頸靜脈怒張等。如果假性囊腫伸展至左腹股溝、陰囊或直腸子宮隱窩等處，可出現直腸及子宮受壓癥狀。體格檢查時，多數患者上腹部或左季部有包塊可捫及。包塊如球狀，表面光滑，鮮有結節感，但可有波動感，移動度不大，常有壓痛。