腦脊液檢查結果對疾病診斷尤其是中樞神經系統疾病的診斷有重要意義。其對細菌性腦膜炎、結核性腦膜炎和真菌性腦膜炎檢查有高靈敏度和高度特異性，對病毒性腦膜炎、蛛網膜下腔出血、多發性硬化癥、神經梅毒、椎旁膿腫等檢查有靈敏度和中等特異性，對腦膜惡性腫瘤檢查有中等靈敏度和高特異性，對顱內出血、病毒性腦炎、硬膜下血腫有中等靈敏度和中等特異性的提示作用。腦脊液中檢出病原體對具有直接診斷的意義，對腦脊液成分的檢測可為治療效果評估、預后判斷提供參考。
