潛伏期10天左右。主要癥狀是腹瀉，呈水樣便或稀便，量或多或少。兒童每天排便最多8～9次，病程一般4～8天。各型腺病毒所致腹瀉持續時間不等，以腸腺病毒胃腸炎腹瀉時間最長，大多患者有嘔吐，持續1～2天，少數有發熱。非腸型腺病毒腹瀉患者發熱較多。約20％腺病毒腸炎患者有呼吸道癥狀。糞便排病毒時間1周左右。
腺病毒腸炎病情一般較輕，少數有嚴重脫水或同伴其他系統感染需住院治療。
本病無明顯季節性，夏秋季略多。可呈暴發流行。
臨床表現為較重的腹瀉，稀水樣便，每日3～30次不等。常有呼吸道癥狀。如咽炎、鼻炎、咳嗽等，發熱及嘔吐較輕，可有不同程度的脫水征。病程8～12天。多數患兒病后5～7個月內對蔗糖不耐受，并可伴有吸收不良。
診斷根據免疫電鏡檢測糞便中腸腺病毒顆粒或用免疫熒光法等檢測糞便中腸腺病毒抗原。