腺病毒的甲醛滅活疫苗已被用于某些人群的預防,而且將來有被用人二倍體細胞培養的減毒活疫苗所替代的可能。但因腺病毒對動物具有致癌作用,人們對全病毒疫苗的作用與安全性存有疑慮。此外加強游泳池和浴池水的消毒,可使水傳播性結膜炎爆發的危險性降至最小,在作眼的檢查時應嚴格無菌操作,對所用設備充分滅菌,也可控制流行性結膜炎的發生。對腺病毒感染的治療仍無有效藥物。