質粒載體絕大多數是以天然質粒為基礎,加以人工改造和組建。理想的細菌質粒載體,除去其他類型載體相同的特點外,還應具備以下條件：
①相對分子質量盡可能小,質粒越小,拷貝數越高,而且便于提取和純化；
②DNA結構和功能清楚,質粒序列中具有包含一系列單一限制酶酶切位點的多克隆位點,便于帶有不同末端的外源片段的插入；
③具有在宿主中合適的一個或多個選擇標記,用以篩選攜帶有目的片段的克隆,這類選擇標記可以分為顯性標記和營養缺陷型標記,最主要的顯性標記是各種抗生素抗性基因(如氨芐青霉素抗性基因、四環素抗性基因、阿泊拉霉素抗性基因、氯霉素抗性基因等)；
④缺失流動基因,這樣質粒就不會從一個細菌接觸轉移到另一個細菌。