發生賁門黏膜撕裂的機制尚不完全清楚,一般認為是因嘔吐時,胃內容物進入痙攣的食管,加之膈肌收縮,使末端食管內壓力急劇增高而引起賁門部的黏膜撕裂。有人用尸體進行研究,當胃內壓持續至150mmHg同時阻塞食管時可以引起食管胃連接部的撕裂,并發現正常健康成年人惡心時胃內壓可達200mmHg不少人認為發生賁門黏膜撕裂綜合征的機制與自發性食管破裂相似,可以是食管全層破裂并引起食管穿孔也可僅為食管壁內血腫或僅有黏膜撕裂。