轉錄能被一些特異性的抑制劑抑制，有些抑制劑是治療某些疾病的藥物，有的則是研究轉錄機理的重要試劑。按照作用機理的不同，轉錄抑制劑分為兩大類。第一類抑制劑特異性地與DNA鏈結合，抑制模板的活性，使轉錄不能進行。這類抑制劑同時抑制DNA復制，例如：放線菌素D、紡錘菌素、遠霉素、溴乙錠和黃曲霉素等。第二類抑制劑作用于RNA聚合酶，使RNA聚合酶的活性改變或喪失，從而抑制轉錄的進行。這類抑制劑只抑制轉錄，不影響復制，是研究轉錄機制和RNA聚合酶性質的重要工具，例如：利福平等。
