方向性
密碼子是對mRNA分子的堿基序列而言的，它的閱讀方向是與mRNA的合成方向或mRNA編碼方向一致的，即從5'端至3'端。
連續性
mRNA的讀碼方向從5'端至3'端方向，兩個密碼子之間無任何核苷酸隔開。mRNA鏈上堿基的插入、缺失和重疊，均會造成框移突變。
簡并性
指一個氨基酸具有一種以上的密碼子。密碼子的第三位堿基改變往往不影響對其三聯碼編碼氨基酸的翻譯。
擺動性
mRNA上的密碼子與轉運RNA（tRNA）J上的反密碼子配對辨認時，大多數情況遵守堿基互補配對原則，但也可出現不嚴格配對，尤其是密碼子的第三位堿基與反密碼子的第一位堿基配對時常出現不嚴格堿基互補，這種現象稱為擺動配對。
通用性
蛋白質生物合成的整套密碼，從原核生物到人類都通用。但已發現少數例外 [2] ，如動物細胞的線粒體、植物細胞的葉綠體。