酵母雙雜交系統能在體內測定蛋白質的結合作用，具有高度敏感性。
主要是由于：
①采用高拷貝和強啟動子的表達載體使雜合蛋白過量表達。
②信號測定是在自然平衡濃度條件下進行， 而如免疫共沉淀等物理方法為達到此條件需進行多次洗滌，降低了信號強度。
③雜交蛋白間穩定度可被激活結構域和結合結構域結合形成轉錄起始復合物而增強，后者又與啟動子DNA結合， 此三元復合體使其中各組分的結合趨于穩定。
④通過mRNA產生多種穩定的酶使信號放大。同時， 酵母表型， X-Gal及HIS3蛋白表達等檢測方法均很敏感。
