鈣蛋白酶（EC3，4，22，17）是細胞內依鈣中性半胱氨酸內肽酶。在體內，通過Ca2+激活及自溶而表現出蛋白水解酶的活性，并通過鈣蛋白酶抑制活化的鈣蛋白酶活性。鈣蛋白酶系統的主要作用對象是細胞骨架蛋白、蛋白激酶和磷酸酶以及激素受體。廣泛存在的鈣蛋白酶有鈣蛋白酶1（u-calpain）、鈣蛋白酶2（m-calpain），還有鈣蛋白酶3（p94）。前兩者都由2個亞基組成，分子量相近，但兩者表現最高活性所需的Ca2+濃度不同。u-calpain所需的Ca2+為1～12umoL/L，而m-calpain所需的鈣離子為250～750u moL/L。它們的小亞基相同，而大亞基是兩個相關基因的產物，兩種大亞基之間存在一定的免疫交叉反應。有功能的鈣蛋白酶是由大亞基（催化區，80kd）和小亞基（調節區，30kd）組成，小亞基是單個基因的產物，而大亞基則是不同基因的產物。不同來源的鈣蛋白酶cDNA序列發現其大亞基由4個結構域組成，其中結構域Ⅱ是表現水解活性的關鍵部位，它約占大亞基氨基酸殘基數的35%左右；結構域Ⅳ，位于羧基端，占氨基酸殘基數的20%，是鈣離子結合部位；結構域I和結構域Ⅲ分別占氨基酸殘基的10%和35%，可能起活性調節作用。calpain3（p94）也是一個與肌肉的嫩度密切相關的蛋白酶。