(1)包囊(鐵蘇木素染色)：在油鏡下觀察，包囊圓形，直徑5～20凹·，囊壁清晰，核染成藍黑色，圓形，1～4個，核仁細小，多位于中央，核周染粒大小均勻，排列整齊，核的特征在鑒別種類上有重要意義。胞質中，糖原在染色過程中微溶解而成為糖原泡。在未成熟包囊中可見到擬染色體，為黑色棒狀，兩端鈍圓，常成對存在。
(2)包囊(玻片碘染色)：在高倍鏡下觀察，經碘液染色包囊呈黃色，核和擬染色體均可見但不著色，包囊內有糖原塊時，糖原塊被染成棕黃色，中央色深而外周逐漸變淡。包囊應具有如下特征：
①有一定的大小，原蟲是單細胞動物因此都很小；
②有一定的形態，如溶組織內阿米巴包囊和結腸內阿米巴包囊為圓形，而藍氏賈第鞭毛蟲包囊為橢圓形；
③溶組織內阿米巴包囊的核為1～4個，囊內還可以看見有折光性的兩端鈍圓棒狀的擬染色體，結腸內阿米巴包囊的核為1～8個。觀察包囊時要注意與酵母菌和脂肪滴區別，人酵母菌形態大小不同，內有較大空泡。脂肪滴的反光性強，不著色，內無任何結構。