隱孢子蟲生活史有滋養體、裂殖體、配子體、合子和卵囊5個發育階段，其中卵囊是感染階段。卵囊(oocyst)呈圓形或橢圓形，直徑4~6um，囊壁光滑、無色，成熟卵囊內含4個呈月牙形的子孢子(sporozoitc)和1個殘留體(residual body)。在改良抗酸染色標本中，卵囊為玫瑰紅色，背景為藍綠色，囊內子孢子排列不規則，殘留體為棕色顆粒狀。
