術后癲癇、腦積水及顱內感染是所有手術都可能發生的并發癥。
無論經顱還是經鼻手術，都可能導致顱內血管、神經和大腦的損傷，從而產生相應的癥狀，嚴重的并發癥包括頸內動脈及其重要分支損傷引起的腦重要功能損傷，如偏癱，失語甚至生命危險，在有經驗的手術團隊里這些嚴重的腦血管并發癥很少發生。
其它顱神經損傷可引起嗅覺減退或消失，眼瞼下垂、眼球活動受限及視物重影等并發癥。經鼻手術還可能出現腦脊液鼻漏和顱內感染等并發癥。
