采樣前要了解所采樣品的來源、加工、儲藏、包裝、運輸等情況，采樣時必須做到：使用的器械和容器需經滅菌，嚴格進行無菌操作；不得加防腐劑；液體樣品應攪拌均勻后才去采樣，固體樣品應在不同部位采取以使樣品具代表性；取樣后及時送檢。
國際食品微生物標準委員會(ICMSF)制定的食品微生物學分析采樣方法，目前已在國內外被逐步推廣采用。ICMSF根據以下原則來規定不同的采樣數：
①各種微生物本身對人的危害程度各有不同；
②食品經不同條件處理后，其危害程度可分為3種情況：危害度降低；危害度未變；危害度增加。依據ICMSF采樣方法規定，其中：n：指一批產品采樣個數；c：指該批產品中檢樣菌數超過限量的檢樣數；m：指合格菌數限量；M：指附加條件后判定為合格的菌數限量。