HPV感染生殖道是一個長期的過程，尖銳濕疣經過治療后，如果機體免疫能力足夠強大時，病毒經過1年-2年就會自然消失。如果免疫機能比較弱時病毒可潛伏在細胞內若干年，一旦機體免疫力降低，潛伏的病毒可恢復活動。HPV感染過程通常分為潛伏感染期、亞臨床感染期、臨床癥狀期和HPV相關的腫瘤期。宮頸癌也有一系列的前驅病變，即宮頸上皮不典型增生，在病理上稱宮頸上皮內瘤變（CIN），通常又根據嚴重程度分成三級：宮頸上皮內輕度瘤變（CIN I）、宮頸上皮內中度瘤變（CIN II）和宮頸上皮內高度瘤變（CIN III），這些癌前病變均有可能發展為宮頸浸潤癌。
在某些自然的或實驗條件下，HPV病毒誘發的乳頭狀瘤雖具有轉化為鱗狀上皮細胞癌的傾向，然而并不是所有的HPV感染者和CIN都會進展為癌。對于大多數乳頭狀瘤，這種轉化還需要其它輔助因子的存在，例如吸煙、化學物質、宿主因素（例如HIV感染）和環境協同因素等，均對疣、乳頭狀瘤轉為惡性腫瘤有致突變及啟動作用。有學者提出了HPV與HSV協同作用誘發宮頸亞性轉化的假說：特異性乳頭狀瘤病毒感染正常細胞導致乳頭狀瘤細胞增生，在HSV感染的啟動下，引起宮頸表皮內惡性轉化的發生，最后導致浸潤癌。這一假說還需進一步驗證。
有關HPV感染和CIN對象轉歸的研究有很多。一些前瞻性研究顯示，HPV感染陽性的婦女在2年內有15-28%進展為宮頸鱗狀上皮內病變（SIL），尤其是HPV 16和18型感染危險性更高。Hpv陽性婦女能否進展到宮頸上皮內高度病變和癌癥，與HPV的型別有很大聯系。有研究顯示在宮頸低度病變的婦女中，高危型別HPV感染陽性的婦女宮頸病變進展的危險性大于低危型HPV感染或HPV陰性的婦女。此外，HPV DNA劑量水平、HPV首次感染的時間等也很重要。
總之，生殖道HPV感染是一種常見的性傳播疾病。性活躍婦女可能有50%感染過至少一種型別的HPV。由于HPV感染是宮頸癌的病因，因此必須重視這種感染，加強HPV病毒疫苗的研制，消除其對人類的危害。