CCD系統芯片掃描儀有三種即它激式熒光檢測、化學熒光檢測和對用同位素曝光的膠片進行檢測，本文主要以它激式熒光檢測芯片掃描儀為例來介紹。該儀器適用于化學自發光、多種激發熒光等生物芯片弱光樣片的檢測和分析。主要由冷卻型科學零級CCD、光學物鏡、氙燈光源、均勻照明系統、暗箱、電機驅動選擇的發射窄帶干涉濾光片和激發窄帶干涉濾光片、圖像采集卡等部分組成。
工作時，用均勻化處理的特殊波長的光去激發生物芯片上的熒光，經窄帶干涉濾光片去除其他波長的光，降低檢測背景。生物芯片上標記有熒光染料的靶分子在單色光激發下產生熒光，再經發射窄帶干涉濾光片由攝像鏡頭捕獲，成像在CCD相面上，再傳至圖像采集卡，將信號轉化成數字信號進行處理。
CCD芯片掃描儀的成像范圍為36mm×28mm，空間分辨率達30μm，可檢測多種熒光如cy2，cy3，cy5，Cy5.5，FITC，Texas，Red等。同時，該儀器還設有芯片架，可放24片芯片。