現有的證據表明，在所有的生物體當中包括ncRNA在內的分子調控過程是非常普遍的。RNA如此適合這一目的的原因之一是在單細胞水平和分子系統的宏觀進化上是高效的。與蛋白質比較而言，RNA分子合成和降解所需的能量更少。而且RNA分子較蛋白質更不穩定也是一個優點，因為用作瞬時信號的調節分子應當快速降解。在許多例子中核糖核酸調節子只需要與靶RNA中的互補序列通過堿基配對的方式行使功能，而蛋白質則需要更為復雜的RNA結合結構域。
在真核生物中，基因表達的轉錄調控一般是在染色質結構水平上完成的。眾所周知，有時RNA是染色質的豐富組成成分，但其存在被歸因于參與新生的轉錄物或RNA加工和修飾。最近的研究表明一些RNA分子在染色體大片段區域的轉錄活化中可能起作用。一個與ncRNA轉錄物密切相關的遺傳現象是遺傳印跡(genetic imprinting)，涉及來自親本的一個拷貝位點的特異失活。多數哺乳動物的印跡基因是成簇存在的，它們當中通常包含ncRNA基因。來自親本的一個等位基因表達常常與相關蛋白質編碼基因抑制相關，表明ncRNA參與基因沉默機制。哺乳動物的XistRNA、果蠅roX-1和roX-2 RNA分別參與了X染色體失活過程和劑量補償，是雄性(XY)和．雌性(XX)細胞內X染色體相關基因轉錄水平平衡的需要。在這兩種情況中，ncRNA分子募集蛋白質因子對X染色體染色質進行特異性修飾。