標準的CAR-T治療流程主要分為以下七個步驟進行：
1.評估病人是否符合CAR-T治療的適應癥
2.分離T細胞：通過外周血血細胞分離機從腫瘤病人血液中分離出單個核細胞，進一步磁珠純化T細胞。
3.改造T細胞：用基因工程技術，把一個含有能識別腫瘤細胞且激活T細胞的嵌合抗原受體的病毒載體轉入T細胞，即把T細胞改造成CAR-T細胞。
4.擴增CAR-T細胞：在體外培養以大量擴增CAR-T細胞。一般一個病人需要幾千萬，乃至幾億個CAR-T細胞，體重越大，需要細胞越多。
5.CAR-T細胞回輸入人體：把擴增好的CAR-T細胞通過靜脈回輸到病人體內，開始進行腫瘤細胞免疫治療。
6.監控反應：嚴密監護病人身體反應，尤其是細胞輸入體內后一至兩周內可能發生劇烈不良反應。
7.評估治療效果：多在回輸CAR-T細胞后第15天和第30天評估對原發病的治療效果。
整個療程持續5周左右，其中上述第一步到第三步需要2周，花費時間較長。