應與皮膚利什曼病、雅司、皮膚結核及腫瘤等相鑒別。此外，還應與其他深部真菌病如組織胞漿菌病、球孢子菌病、放線菌病、芽生菌病、隱球菌病及孢子絲菌病等相鑒別。對內臟型副球孢子菌病則應與黑熱病、結核性淋巴結炎、結核性腹膜炎等相鑒別。
