根據類病毒RNA結構中是否含有保守區模塊，將類病毒分為兩個科，即馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科（Pospiviroidae）和鱷梨日斑類病毒科（Avsunviroidae），后者在其結構中沒有保守區，但可實現錘頭中間體的自我剪切（hammerhead-mediated self-cleavage），根據保守區能形成的側翼序列的類型，將馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科分為四個屬；又根據錘頭中間體自我剪切的產物不同，將鱷梨日斑類病毒科分為兩個屬，已經發現的類病毒共四十余種。
馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科
馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒屬（Pospiviroid）：代表種有馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒（Potato spindle tuber viroid）
啤酒花矮化類病毒屬（Hostuviroid）：代表種有啤酒花矮化類病毒（Hop stunt viroid）
椰子死亡類病毒屬（Cocadviroid）：代表種有椰子死亡類病毒（Coconut cadang-cadang viroid）
蘋果銹果類病毒屬（Apscaviroid）：代表種有蘋果銹果類病毒（Apple scar skin viroid）
錦紫蘇類病毒屬（Coleviroid）：代表種有錦紫蘇類病毒1（Coleus blumei viroid 1）
鱷梨日斑類病毒科
鱷梨日斑類病毒屬（Avsunviroid）：代表種有鱷梨日斑類病毒（Avocado sunblotch viroid）
桃潛花葉類病毒屬（Pelamoviroid）：代表種有桃潛花葉類病毒（Peach latent mosaic viroid）