根據類病毒RNA結構中是否含有保守區模塊，將類病毒分為兩個科，即馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科（Pospiviroidae）和鱷梨日斑類病毒科（Avsunviroidae），后者在其結構中沒有保守區，但可實現錘頭中間體的自我剪切（hammerhead-mediated self-cleavage），根據保守區能形成的側翼序列的類型，將馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科分為四個屬；又根據錘頭中間體自我剪切的產物不同，將鱷梨日斑類病毒科分為兩個屬，已經發現的類病毒共四十余種。
