光鏡下腎小球基本正常，免疫熒光檢查一般無免疫沉積物，電鏡下的彌漫性上皮足突消失或融合為其典型病變。有時也可見到局灶的系膜區有電子致密物。微小病變性腎病有時也可以存在形態學異常，表現為輕、中度局灶或彌漫的系膜細胞增殖和局灶性腎小球硬化。有作者認為此時應歸入另一不同的腎小球疾病，因此有作者認為微小病變性腎病、系膜增殖性腎小球腎炎和局灶性腎小球硬化為一種疾病的三個不同的病變期，還有待進一步深入一步研究。但在微小病變性腎病病程發展到后期出現的局灶硬化性損害，可作為在微小病變性腎病中較為嚴重和對激素療效差的一種組織學標志。微小病變性腎病有時在免疫熒光下也可見系膜區有 IgM、IgA或C3沉積，一般很輕微。系膜細胞增殖和IgM沉積如同時出現，常提示對激素療效差或對激素的反應延遲，并且使疾病進展的可能性增大，有作者將這些病人分類為獨立的疾病，如系膜增殖性腎炎和IgM腎病。