粘膜免疫系統的淋巴組織有兩個基本特征：一是接近抗原，二是誘導和效應位點的區域化，以消化道相關淋巴組織（GALT）為例：消化道相關淋巴組織由Peyer結（PP）、腸系膜淋巴結（MLN）以及分散在粘膜固有層(LP)和腸上皮中的大量淋巴細胞組成。PP中有明確的T細胞區和B細胞區，是典型的二級淋巴器官，位于小腸系膜的對側，與腸腔僅隔一層立方上皮細胞。這層上皮細胞被稱為濾泡相關上皮，之中除了普通的腸細胞、各種類型的淋巴細胞外，還有一種特殊的上皮細胞（M細胞），負責攝取和轉運抗原。腸系膜淋巴結也是二級淋巴器官，與PP通過淋巴管道相連，又經胸導管外通血液，是粘膜與外周免疫系統的中轉站。