粘膜免疫系統（Mucosal immune system,MIS）是指廣泛分布于呼吸道、胃腸道、泌尿生殖道粘膜下及一些外分泌腺體處的淋巴組織，是執行局部特異性免疫功能的主要場所。
粘膜免疫系統是機體整個免疫網絡的重要組成部分，又是具有獨特結構和功能的獨立免疫體系，它在抵抗感染方面起著極其重要的作用，粘膜表面與外界抗原（比如食物、共生菌、有害病原體等）直接接觸，是機體抵抗感染的第一道防線。而且，實驗證明，通過粘膜免疫后，粘膜局部的抗體比血清抗體出現的早、效價高且維持時間長。粘膜免疫系統構成了機體的第一道防線，它可以將外來病原微生物或其他外來抗原在侵入機體組織之前被消滅，不至于對機體組織造成損傷。