1.采集標本的量
一般采集指頭大小（約3～5g）的新鮮糞便。
2.送檢時間
標本采集后一般應于1h內檢驗完畢，否則可因pH值改變及消化酶的作用等，使有形成分分解破壞及病原菌死亡而導致結果不準確。檢查阿米巴滋養體時，應于排便后立即檢驗，冬季還需對標本進行保溫處理。
3.采集標本的性質
應盡可能挑取含有黏液、膿血等異常成分的糞便。外觀無明顯異常時，應于糞便內外多點取樣。
4.隱血試驗標本
隱血試驗時，應囑咐患者素食3d后留取標本，禁服維生素C及鐵劑等藥品。
5.特殊情況的標本
無糞便排出而又必須檢驗時，可采用肛門指診或采便管采集標本。
6.寄生蟲檢驗標本
檢查蟯蟲時需要用透明薄膜拭子或棉拭子于清晨排便前拭取肛門四周，并立即鏡檢。
7.24h標本
檢查膽石、胰石、寄生蟲體及蟲卵計數時，應收集24h內糞便送檢。