異常結果：(1)長期使用廣譜抗生素，免疫抑制劑及慢性消耗性疾病的患者，糞便中球/桿菌比值變大。
(2)在一定條件下，有些正常菌群的細菌也能致病，稱為條件致病菌，如受涼或過度疲勞，抵抗力低下等。
(3)革蘭陰性桿菌嚴重減少，甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明顯增多，常提示有腸道菌群紊亂或二重感染。此種菌群失調癥稱偽膜性腸炎，涂片常為革蘭陽性葡萄球菌梭狀芽胞桿菌(培養為金黃色葡萄球菌難辨芽胞梭菌等)，次為假絲酵母菌。
需要檢查人群：腸道細菌失衡患者，長期腹痛癥狀。
