種子發芽除了受到其自身條件的限制之外，還會受到人為因素和自然環境的影響，因此在種子自身條件良好的狀況下，減小人為因素和自然環境的影響，是提高種子發芽率的關鍵，而自然環境的控制可以采用精密種子發芽箱來完成。
一般來說，我們將發芽用品清洗消毒不認真、加水不當、幼苗判定產生的誤差、數據處理產生的誤差等都歸為人為因素造成的影響，人為因素的影響一般來說通過規范操作，提高技術水平以及認真細致等都可以在一定程度上減小誤差，但是像水分、溫度、濕度和光照度等自然環境，如果不依靠精密種子發芽箱來進行調控的話，基本上是難以改變自然環境對種子發芽的影響。
我們所處的空間受自然環境的影響，像下雨、刮風、下雪等都屬于自然氣象環境，這類環境是人工難以控制的，具有不可控性和難預測性，因此可以說改變自然環境基本上是不可能的，但是隨著控制技術的發展和進步，人們利用精密種子發芽箱創造了一個密閉的空間，將外界自然環境和箱體中的環境隔絕開來，這樣一來只需要控制箱體中的環境條件就可以滿足要求了，精密種子發芽箱也就是基于這個原理來改變種子發芽所需要的環境條件，而由于創造了種子發芽所需要的溫度、光照度、濕度和水分，種子的發芽率也得到了極大的提高，種子的利用價值也更加明顯。
隨著種子商業化進程的加快，種子相關的研究工作也是越來越多，在農業中種子發芽，催芽，種子育苗，恒溫育種以及種子發芽率檢測中，都需要使用精密種子發芽箱來創造環境條件，而精密種子發芽箱的應用，不僅是提高種子的發芽效率和發芽率，同時也節省了種子培育前期的費用，經濟效益十分顯著。