GPI錨定蛋白的C末端是通過乙醇胺磷酸鹽橋接于核心聚糖上，該結構高度保守，另有一個磷脂結構將GPI錨連接在細胞膜上。核心聚糖可以被多種側鏈所修飾，比如乙醇胺磷酸鹽基團，甘露糖，半乳糖，唾液酸或者其他糖基。一些復雜的側鏈結構如N-乙酰氨基半乳糖在哺乳動物和原蟲中都發現。
另外，像1,2-二酰基甘油，1-烷基-2酰基甘油，單酰基甘油以及神經酰胺都可作為GPI錨結構的類脂成分。而且某些GPI 錨定蛋白的酰基取代基也可能是功能結構的一部分。這些酰基基團通過抑制磷酸鹽的形成來使GPI 錨不受PI-PLC（phosphat-idylinosito-l specific phospholipase C）的影響。
葡糖胺核心極少被修飾，不過NETNES（克氏錐蟲的一個糖蛋白）的GPI錨例外。