糖苷酶（EC 3.2.1）隸屬于糖基酶（EC 3.2），是水解酶類（EC 3）中的一大類酶。根據不同的分類標準，可以分成不同的類型。
根據底物分類
在糖苷酶家族中，根據水解的底物不同，又可具體分為195種不同類型的酶，每種均有自己的酶學編號（EC 3.2.1.1——EC 3.2.1.195），例如α-淀粉酶（EC 3.2.1.1）與α-葡萄糖苷酶（EC 3.2.1.20）。此分類方法中，分類對象只有糖苷酶，每一種編號對應的糖苷酶成員之間的結構可能會有巨大的差異。
根據結構相似性分類
根據進化學分析，許多水解不同底物的糖苷酶是由同一祖先演化而來，因而具有較高的結構與功能相似性。根據結構的差異，可將糖苷酶具體分為135個家族（Glycoside Hydrolase family）即GH1——GH135，每個家族內部的成員，彼此具有很高的結構相似度，根據其催化活性中心結構域的結構，又可將這些家族不完全歸納為14個族（Clan）即GH-A —— GH-N。此分類方法中，分類對象除了糖苷酶還包括少量其他種類的酶，同一家族中的成員雖然水解的底物可能不同，但都具有高度相似的結構，彼此間的親緣關系更為接近。
根據催化作用機制分類
糖苷酶根據催化作用機制的不同分為兩類：構型翻轉酶( inverting en-zymes)和構型保持酶(retaining enzymes)。構型保持酶在催化糖苷鍵水解的同時，還具有轉糖基活性，即糖苷鍵合成活性，該性質使其成為糖類合成的重要工具。