SLE臨床表現多種多樣，常多器官受累。
1.全身癥狀：發熱、乏力、體重減輕等。
2.皮膚與黏膜：80%有皮膚損害，典型為面部蝶形紅斑 ，手掌大小魚際、指端和指(趾)甲周可出現紅斑。可有光過敏、脫發、雷諾現象。活動期有口腔潰瘍 。
3.關節與肌肉
多表現為對稱性多關節腫痛 ，紅腫少見，X線片多數正常。
4.腎
幾乎所有病人腎臟均有病理變化，可表現為急性腎炎、急進性腎炎、隱匿性腎小球腎炎、慢性腎炎和腎病綜合征。晚期發生尿毒癥，是SLE死亡的原因之一。
5.心血管系統
約30%有心血管表現，以心包炎最常見。
6.肺部表現
可表現胸腔積液，亦可出現肺間質病變、肺動脈高壓，嚴重者出現急性狼瘡肺炎等。
7.神經系統
表現為無菌性腦膜炎、腦血管病變、脫髓鞘綜合征，外周神經系統有吉蘭-巴雷綜合征、重癥肌無力及多發性神經病等。
8.消化系統
約30%有消化系統癥狀，肝臟腫大，血清轉氨酶升高。
9.血液系統
有非免疫介導的貧血及免疫介導的貧血，即溶血性貧血；
10.眼
約30%有眼底血管病變而影響視力，嚴重的可能致盲，及時治療可逆轉。