紅曲霉菌與其他菌(產已酸梭狀芽孢桿菌、根霉和酸性曲霉菌等)混合可制成復合酯化酶生態菌劑。復合酯化酶生態菌劑是根據濃香型白酒發酵的原理。強化了傳統大曲的發酵功能和生香功能，使發酵過程平穩而持久，酒糟殘余淀粉低，出酒率高，酯化速度快，使白酒的總酯含量達到優質酒水平。
將紅曲霉菌制成的復合酯化酶生態菌劑直接混入糧糟進行發酵或雙輪底發酵，可縮短發酵周期，提高出酒率和優質酒率，生產高酯調味酒提高成品酒質量。
2005年，濟南陸豐生物工程公司與汝陽林康酒業有限公司合作試驗顯示：在糟醅中使用復合酯化酶生態菌劑，出酒率提高6.67%，每公斤酒耗糧降低0.63kg，產酒質量感觀嘗評結果是窖香濃郁、香味諧凋、回味悠長。用在雙輪底糟所產的酒酸、酯成倍增長，香濃不可下咽(糙)，有刺舌感，是優質的濃香型高酯調味酒。