纖溶酶原有內源性及外源性兩條激活途徑。
①內源性激活：指血液中存在有能使纖溶酶原激活的活化因子，它可能來自靜脈或微靜脈的內皮細胞，其活性在上肢靜脈較之下肢靜脈高，這是下肢靜脈血栓比上肢靜脈多的原因之一。此外在血液中還存在一種活化因子原，當機體的凝血反應一旦被啟動，激活的凝血因子之一——凝血因子Ⅺ除參與自身的凝血系統外，也同時激活了此活化因子原，后者再進一步激活纖溶酶原。血液中的活化因子原極易被纖維蛋白凝塊所吸附，從而有利于血栓的溶解。
②外源性激活：是通過組織活化因子而實現的，此活化因子在子宮、卵巢、腎臟及肺組織中含量尤其豐富。惡性腫瘤初期的分化細胞，胎兒發育期的分化細胞，也能釋放大量活化因子。此外活化因子也存在于尿、唾液、乳汁、膽汁及前列腺等分泌液中，特別是尿中的活化因子，稱之為尿激酶，分子量 54 000，此酶已高度純化，是纖溶酶原活化因子中研究得最多的。某些細菌也能產生活化因子，如鏈球菌所分泌的鏈激酶。尿激酶與鏈激酶都是有效的抗血栓藥物。