纖維素酶用于咖啡的商業食品加工。它在豆類干燥過程中進行纖維素的水解。此外，纖維素酶廣泛用于紡織工業和洗衣洗滌劑。它們還用于紙漿和造紙工業的各種用途，甚至用于制藥應用。纖維素酶用于將生物質發酵成生物燃料，盡管目前該過程相對處于實驗階段。
在醫學上，纖維素酶用于治療植物牛黃，這是一種在人胃中發現的纖維素牛黃，并且它通過水解細胞外聚合物(EPS)的結構基質胞外多糖中的β(1-4)糖苷鍵，在降解多微生物細菌生物膜方面表現出功效。
