清洗辦法一：等壓水力沖洗
可將超濾出口閥門關閉后將濃縮水出口閥門全部打開，這樣能保持膜面流速增大，而且對去除表面附著松軟物質十分有效。
清洗辦法二：背壓反沖洗
可用干凈的純水，將其中的濾液逐步進入到正面進行沖洗，因為膜的正反方向耐壓程度不一樣，所以操作人員需在低壓狀態下進行清洗，沖洗時間三十分鐘到一個小時為較佳。
清洗辦法三：化學清洗
使用者可根據納濾膜表面污染物質的種類來選用相對應的化學藥品進行溶解于氧化，這樣能達到去除污垢的效果，選擇的因素有很多種包括酸類、堿類、氧化劑、殺菌劑、表面活性劑以及加酶洗滌劑等。