一般的線粒體核糖體由28S核糖體亞基（小亞基）和39S核糖體亞基（大亞基）組成。在這類核糖體中，rRNA約占25%，核糖體蛋白質（簡稱“RP”）約占75%。線粒體核糖體是已發現的蛋白質含量最高的一類核糖體。 [6]
線粒體核糖體中含有2-3種rRNA和85種RP。 [7] 另有研究認為人類線粒體核糖體只含有78種RP。 [8] 線粒體核糖體蛋白質（簡稱“MRP”）可根據它們在核糖體自組裝過程中與rRNA結合的先后順序分為初級結合蛋白、次級結合蛋白等幾類。在線粒體核糖體39S亞基中，L7、L13、L14、L21、L26與L44已被證實是初級結合蛋白，而L8、L11、L28、L35、L40、L49與L50則被證實是次級結合蛋白。 [9] 線粒體核糖體28S亞基中含有長度約為950nt的12S MT-RNR1，而39S亞基中則含有長度約為1560nt的16S MT-RNR2。高等植物的線粒體中另外含有一種沉降系數也為5S，但與該rRNA細胞質核糖體的5S rRNA不同。